IHU Marseille – Exploration de la diversité du microbiote

L’Institut Hospitalo-Universitaire ou IHU Marseille « Méditerranée infection » est spécialiste dans la prévention et la gestion de crises épidémiques dans le cas de maladies infectieuses.

Son organisation est basée sur la coordination de recherches, de surveillance d’épidémies, de diagnostic et d’élaboration de soins au sein-même de son institut.  Les équipe de recherche de Didier Raoult au sein de l’IHU Marseille se focalisent  entre autre sur la compréhension de la symbiose humaine, spécifiquement la diversité du microbiote intestinal.

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Didier Raoult Microbiologie
Microbilogie à L’IHU méditerranée

 

L’être humain possède environ 50 000 milliards de cellules et pratiquement le même nombre de bactéries. Ces bactéries ou micro-organismes résident en majorité dans les intestins, et composent le microbiote qui est également constitué de champignons ou encore de virus. Ils permettent donc de maintenir la santé et le bien-être dans notre organisme, grâce à la fermentation de substrats présents dans le côlon intestinal.

Ils assurent de ce fait une protection efficace contre les micro-organismes pathogènes, tout en permettant simultanément la synthèse des substances alimentaires nécessaires au bon fonctionnement de notre organisme.

Ces pathologies constituent des enjeux majeurs dans notre société comme elles ne cessent de croître depuis plus d’un demi siècle.

De nombreuses études réalisées depuis une décennie, notamment chez l’animal, montrent en effet les conséquences du déséquilibre dans la symbiose entre le microbiote et l’hôte, qui provoquent des maladies chroniques comme l’obésité et le diabète. En France, ce phénomène de dysbiose est croissant dans la population qui présente 15% d’obésité telle qu’il est souligné dans l’enquête réalisée par ObÉpi en 2012. Ce pourcentage est alarmant comme il a doublé depuis 1997 chez les Français.

Ce rapport entre l’obésité chez l’homme et le microbiote intestinal a également été mis en évidence en 2006 par les recherches de l’équipe de J.Gordon de l’Université de Washington à Saint-Louis aux Etats-Unis.

Il a donc inévitablement émergé un lien entre le régime alimentaire humain et l’équilibre du microbiote intestinal, dont des recherches sont également réalisées à l’IHU Marseille « Méditerranée infection ».

Le microbiote du génome humain et du métagénome

Dès sa naissance, l’homme présente un microbiote intestinal qu’il continue de développer en fonction de son alimentation.

Ainsi, plusieurs outils de recherches ont permis de découvrir la diversité du microbiote présent dans notre tube digestif, mais également au niveau de toutes nos muqueuses et de notre peau. Il a alors été d’abord possible de séquencer le génome humain qui comprend 20 000 à 25 000 gènes, puis, le métagénome ou génome chez les micro-organismes.

Diverses recherches coordonnées en France dans le projet européen MetaHIT en 2014 ont de plus permis de répertorier 10 millions de gènes dans le métagénome suite à l’étude des microbiotes de plus de 1200 individus en Europe, Chine et Amérique.

En conséquence, l’analyse montre que le microbiote associé au corps humain comprend 10 à 100 plus de cellules qu’il en contient.

Ce rapport fonctionnel qu’il existe entre le microbiote et l’organisme humain est dû à une évolution simultanée de l’homme et des micro-organismes pathogènes et non pathogènes depuis notre naissance.

L’existence d’environ 1 000 micro-organismes par gramme de contenu dans les parois distales de notre tube digestif, souligne par ailleurs le dialogue moléculaire qu’il peut s’exercer entre les micro-organismes intestinaux et nos cellules.

De telle sorte qu’il est aujourd’hui considéré que ce dialogue a un rôle déterminant dans l’évolution de notre immunité héréditaire et d’adaptation environnementale.

Cette influence est également observée dans l’angiogenèse de nos cellules intestinales, le fonctionnement interne de notre métabolisme ainsi que la physiologie de nos intestins. Notre capacité à nous protéger efficacement contre les éventuels micro-organismes pathogènes dépend alors de la fluidité de communication et de fonctionnement de nos cellules avec les micro-organismes intestinaux.